Η θεραπεία της μηνιγγιτιδοκοκκικής λοίμωξης εξαρτάται από την κλινική μορφή της νόσου. Σε περίπτωση ρινοφαρυγγίτιδας, η θεραπεία είναι συμπτωματική. Εάν η διάγνωση επιβεβαιωθεί βακτηριολογικά, χρησιμοποιούνται βενζυλοπενικιλλίνη, αμπικιλλίνη, κεφαλοσπορίνες πρώτης και δεύτερης γενιάς, χλωραμφενικόλη, πεφλοξασίνη σε μέσες θεραπευτικές δόσεις για 3 ημέρες. Δεν πρέπει να χρησιμοποιούνται κο-τριμοξαζόλη και αμινογλυκοσίδες, στις οποίες τα περισσότερα υπάρχοντα στελέχη μηνιγγιτιδόκοκκου είναι ανθεκτικά.