Η βακτηριακή λοίμωξη είναι ένας από τους σημαντικότερους αιτιολογικούς παράγοντες της χρόνιας αλιθιασικής χολοκυστίτιδας. Πηγές μόλυνσης μπορεί να είναι παθήσεις του ρινοφάρυγγα και των παραρρινίων κόλπων (χρόνια αμυγδαλίτιδα, ιγμορίτιδα), της στοματικής κοιλότητας (στοματίτιδα, ουλίτιδα, περιοδοντίτιδα), του ουροποιητικού συστήματος (κυστίτιδα, πυελονεφρίτιδα), του αναπαραγωγικού συστήματος (προστατίτιδα, ουρηθρίτιδα), γυναικολογικές παθήσεις (αδενίτιδα, ενδομητρίτιδα), λοιμώδεις νόσοι του εντέρου, ιογενής ηπατική βλάβη.