Σε περίπτωση συγγενούς λοίμωξης από κυτταρομεγαλοϊό, η φύση της εμβρυϊκής βλάβης εξαρτάται από την περίοδο της λοίμωξης. Η οξεία λοίμωξη από κυτταρομεγαλοϊό στη μητέρα κατά τις πρώτες 20 εβδομάδες της εγκυμοσύνης μπορεί να οδηγήσει σε σοβαρή εμβρυϊκή παθολογία, η οποία έχει ως αποτέλεσμα αυθόρμητη αποβολή, ενδομήτριο θάνατο του εμβρύου, θνησιγένεια, ανωμαλίες, στις περισσότερες περιπτώσεις ασυμβίβαστες με τη ζωή. Σε περίπτωση λοίμωξης από κυτταρομεγαλοϊό στα τελευταία στάδια της εγκυμοσύνης, η πρόγνωση για τη ζωή και την κανονική ανάπτυξη του παιδιού είναι πιο ευνοϊκή.