Ο αιμορραγικός πυρετός της Κριμαίας διαφοροποιείται από άλλους αιμορραγικούς πυρετούς, τη γρίπη, τη λεπτοσπείρωση, τη μηνιγγοκοκκαιμία, τον τυφοειδή πυρετό, τις χειρουργικές παθήσεις με σύνδρομο «οξείας κοιλίας», καθώς και από τη θρομβοπενική πορφύρα (νόσος του Werlhof) με χαρακτηριστική υποξεία έναρξη, έλλειψη αντίδρασης στη θερμοκρασία, αιμορραγικό εξάνθημα από μικρές πετεχίες έως μεγάλες εκχυμώσεις στις καμπτικές επιφάνειες των άκρων, του κορμού, συχνές ρινορραγίες και άλλες αιμορραγίες, υποχρωμική αναιμία, λευκοκυττάρωση, θρομβοπενία και απουσία αλλαγών στο καρδιαγγειακό σύστημα.