Η ανίχνευση του παθογόνου είναι κρίσιμης σημασίας για την επιβεβαίωση της διάγνωσης της πνευμονοκύστωσης. Το κύριο υλικό για τη μελέτη είναι τα πτύελα, οι βρογχικές εκκρίσεις, τα εκπλύματα που λαμβάνονται κατά τη διάρκεια βρογχικής ή βρογχοκυψελιδικής πλύσης, κομμάτια πνευμονικού ιστού που λαμβάνονται κατά τη διάρκεια διαβρογχικής, διαδερμικής ή ανοιχτής βιοψίας. Τις περισσότερες φορές, λόγω της σοβαρής κατάστασης του ασθενούς, αυτοί οι χειρισμοί δεν πραγματοποιούνται προκειμένου να αποφευχθούν επιπλοκές.