Οι μηνιγγιτιδόκοκκοι είναι αρνητικά κατά Gram σφαιρικά κύτταρα με διάμετρο 0,6-0,8 μm. Σε επιχρίσματα που παρασκευάζονται από υλικό που λαμβάνεται από έναν ασθενή, έχουν σχήμα κόκκου καφέ, συχνά βρίσκονται σε ζεύγη ή τετράδες ή τυχαία, συχνά μέσα σε λευκοκύτταρα - ατελής φαγοκυττάρωση.