Η εντόπισή του είναι στα βαθιά στρώματα του δέρματος, δηλαδή στα βασικά κύτταρα της μεμβράνης. Ο ιός HPV μπορεί να είναι η αιτία εμφάνισης όγκων στα γεννητικά όργανα και στην περιοχή της βουβωνικής χώρας, καθώς και να αυξήσει τον κίνδυνο προκαρκινικών ή καρκινικών ασθενειών.