Κλινικά, η διάγνωση της σιγκέλλωσης μπορεί να τεθεί μόνο σε περιπτώσεις τυπικής κολιτικής παραλλαγής της νόσου. Για να διευκρινιστεί η διάγνωση σε περιπτώσεις που δεν επιβεβαιώνονται με εργαστηριακές εξετάσεις, πραγματοποιείται ορθοσκόπηση, η οποία σε όλες τις περιπτώσεις σιγκέλλωσης αποκαλύπτει εικόνα κολίτιδας (καταρροϊκή, αιμορραγική ή διαβρωτική-ελκώδη) με βλάβη στον βλεννογόνο του περιφερικού κόλου, συχνά σφιγκτηρίτιδα.