Στην πρωτοπαθή φυματίωση, η βλάβη συνήθως εντοπίζεται στους λεμφαδένες, τους πνεύμονες, τον υπεζωκότα και μερικές φορές σε άλλα όργανα: νεφρά, αρθρώσεις, οστά, περιτόναιο. Η περιοχή της συγκεκριμένης φλεγμονής μπορεί να είναι πολύ μικρή και να παραμένει κρυφή κατά την εξέταση. Εάν η βλάβη είναι μεγάλη, συνήθως ανιχνεύεται κατά την κλινική και ακτινολογική εξέταση του ασθενούς.