Οι αιτίες της σκληρυντικής χολαγγειίτιδας είναι πολυάριθμες. Η έκβασή της είναι η προοδευτική ίνωση και, ως συνέπεια, η εξαφάνιση των ενδοηπατικών και/ή εξωηπατικών χοληφόρων αγωγών. Στα αρχικά στάδια, η βλάβη των χοληφόρων αγωγών και των ηπατοκυττάρων δεν είναι τόσο έντονη, ενώ η ηπατική ανεπάρκεια αναπτύσσεται αργότερα.