Επιπλοκές της χοληφόρου οδού μετά από μεταμόσχευση ήπατος εμφανίζονται σε 10-20% των περιπτώσεων. Αυτές περιλαμβάνουν στενώσεις, διαρροή χολής, συρίγγια και χολαγγειίτιδα. Μπορεί να παρατηρηθούν στενώσεις αναστομώσεων που προκαλούνται από τεχνικά σφάλματα, φλεγμονή λόγω διαρροής χολής και ίνωσης, καθώς και στενώσεις που δεν σχετίζονται με αναστομώσεις, οι οποίες σχηματίζονται πάνω από την αναστόμωση προς την κατεύθυνση της πύλης του ήπατος, οι οποίες σε ορισμένες περιπτώσεις προκαλούνται από ισχαιμία του πόρου.