Η κεφαλαλγία μπορεί να είναι λειτουργική ή οργανική. Η οργανική κεφαλαλγία συνήθως σχετίζεται με νευρολογικά συμπτώματα και σημεία όπως έμετος, πυρετός, παράλυση, πάρεση, επιληπτικές κρίσεις, σύγχυση, μειωμένη συνείδηση, αλλαγές στη διάθεση, οπτικές διαταραχές.