Οι πιο συνηθισμένοι αιτιολογικοί παράγοντες της πνευμονίας είναι τα θετικά κατά Gram και τα αρνητικά κατά Gram βακτήρια, τα ενδοκυτταρικά παθογόνα και, λιγότερο συχνά, οι μύκητες και οι ιοί. Σε νέους ανθρώπους, η πνευμονία συχνά προκαλείται από ένα μόνο παθογόνο (μονοφλεγμονή), ενώ σε ηλικιωμένους ασθενείς και σε άτομα με συνυπάρχουσες ασθένειες, η πνευμονία συχνά προκαλείται από βακτηριακές ή ιογενείς-βακτηριακές συσχετίσεις (μικτή λοίμωξη), γεγονός που δημιουργεί σοβαρές δυσκολίες στην επιλογή κατάλληλης αιτιοτροπικής θεραπείας.