Εκτός από τον φλοιό, ο οποίος σχηματίζει τα επιφανειακά στρώματα του τελικού εγκεφάλου, η φαιά ουσία σε κάθε ένα από τα εγκεφαλικά ημισφαίρια βρίσκεται με τη μορφή ξεχωριστών πυρήνων ή κόμβων. Αυτοί οι κόμβοι βρίσκονται στο πάχος της λευκής ουσίας, πιο κοντά στη βάση του εγκεφάλου.