Σε αντίθεση με τις ορολογικές μεθόδους για τη διάγνωση της ιογενούς ηπατίτιδας C, οι οποίες ανιχνεύουν αντισώματα κατά του HCV, η PCR επιτρέπει την άμεση ανίχνευση της παρουσίας HCV RNA και την ποσοτική έκφραση της συγκέντρωσής του στο υλικό δοκιμής.