Πριν από την ταξινόμηση και τη θεραπεία, οποιαδήποτε ασθένεια, συμπεριλαμβανομένης της χρόνιας προστατίτιδας, πρέπει να διαγνωστεί, δηλαδή να αναγνωριστούν και να ερμηνευθούν σωστά οι κλινικές εκδηλώσεις και οι εργαστηριακές αλλαγές σε έναν συγκεκριμένο ασθενή.