Υπάρχουν αρκετοί τρόποι αντιμετώπισης των κονδυλωμάτων. Σε ορισμένες περιπτώσεις, χρησιμοποιείται αιτιολογική θεραπεία, η ουσία της οποίας είναι η εξάλειψη της αιτίας της κονδυλωματίτιδας. Αυτό απαιτεί κατάλληλη διάγνωση και είναι σημαντικό να προσδιοριστεί η αιτία όσο το δυνατόν σαφέστερα, προκειμένου να εξαλειφθεί σκόπιμα.